| ニホンオオカミ | 森林 | 採取・乱獲 |
| エラブオオコウモリ | 森林 | 開発 |
| オガサワラオオコウモリ | 森林 | 開発 |
| ツシマヤマネコ | 森林 | 開発 |
| ニホンカワウソ(本州以南個体群) | 河川・湖沼 | 採取・乱獲 |
| ニホンカワウソ(北海道個体群) | 河川・湖沼 | 採取・乱獲 |
| イリオモテヤマネコ | 森林 | 開発 |
| ケナガネズミ | 森林 | 開発 |
| アマミノクロウサギ | 森林 | 開発 |
| トウキョウトガリネズミ | 森林 | 開発 |
| ツシマテン | 森林 | 開発 |
| トド | 海域 | 採取・乱獲 |
| 九州地方のツキノワグマ | 森林 | 開発 |
| 徳之島のリュウキュウイノシシ | 森林 | 採取・乱獲 |